กล้ามเนื้อหัวใจอักเสบขั้นรุนแรง (fulminant myocarditis) มีความสัมพันธ์กับการติดเชื้อเอช 1 เอ็น 1 โดยมีรายงานที่ได้รับการยืนยันแล้วอย่างน้อย 4 กรณี ในผู้ป่วยซึ่งติดเชื้อไข้หวัดใหญ่ชนิดเอ เอช 1 เอ็น 1 ผู้ป่วย 3 จาก 4 ราย ซึ่งมีกล้ามเนื้อหัวใจอักเสบที่สัมพันธ์กับการติดเชื้อเอช 1 เอ็น 1 มีอาการถึงขั้นรุนแรง และหนึ่งในผู้ป่วยได้เสียชีวิต นอกจากนี้ยังดูเหมือนว่ามีความเชื่อมโยงระหว่างการติดเชื้อไข้หวัดใหญ่ชนิดเอ เอช 1 เอ็น 1 อย่างรุนแรงกับภาวะสิ่งหลุดอุดหลอดเลือดปอด (pulmonary embolism) ในรายงานฉบับหนึ่ง มีการรับผู้ป่วย 5 ราย จาก 14 ราย เข้าสู่หน่วยรักษาพยาบาลผู้ป่วยขั้นวิกฤต ด้วยอาการติดเชื้อไข้หวัดใหญ่ชนิดเอ เอช 1 เอ็น 1 อย่างรุนแรง และมีภาวะสิ่งหลุดอุดหลอดเลือดปอด